分子モデリング・ソフトウェア SYBYL-X

◆ラインセスについて
情報教育研究センターは
・SYBYL-X2.1.1
のライセンスを所有しています。

全学に向けて2ライセンスを提供します。譲りあって使用してください。
各研究室のPCあるいはMacにインストールでき、本センターが設置したライセンス認証サーバにアクセスすることで利用することができます。

◆利用申請について
利用希望者は分子モデリングソフトウエア利用申請書に必要事項を記入して、本センター宛に提出してください。

◆インストーラについて
Windows版とMac版、Linux版のインストーラはいずれもDVDにて提供いたします。

SYBYL-X2.1.1

SYBYL はTripos社が開発した分子モデリング・ソフトウェアで、欧米・国内の製薬関連企業・大学で広く利用されているソフトウェアです。
SYBYLはSybyl/Baseと呼ばれる基本プラットホームと、その上で動作する各種モジュールで構成されており、研究方針・内容に対応して柔軟に組み合わせて利用することができます。
SYBYL/baseには、低分子から生体高分子まで広範囲の分子を対象に、構造構築・表示・計算・解析を効率的に行う基本機能が準備されています。
(http://www.w-fusion.com/J/tripos/SybylBase.htmlを引用)。

インストールと認証作業

A)Windowsへのインストール手順
1)SYBYLX211_WinInstall_rev0に記載された手順でSybyl-Xをインストールします。
2)AdminTools11.6/tables/license_file_locationにテキストエディット(TeraPadなど)を用いて1919@10.111.10.103を書き入れます。
3)SYBYL-Xを起動します。

B)Macへのインストール手順
MacOSX最新版(2014/3/26現在) 10.9.2へのインストールが以下の手順で可能でした。
1)SYBYLX211_WinInstall_rev0に記載された手順でSybyl-Xをインストールします。(SYBYL-X2.1.1-darwin.pkgによるインストール)。
2)XQuartz-2.7.5.dmgを下記のサイトから入手し、インストールします。
 X11 server and client libraries for OS X are available from the XQuartz project
http://xquartz.macosforge.org
3)Javaのインストールを要求された場合はこれを許可してインストールします。(/System/library/Javaにインストールされます)
4)インストールされたディレクトリ(フォルダ)とファイルのパスを確認します。
  HD/keyfile.txt
  HD/tripos
  HD/アプリケーション/SYBYL-X2.1.1/SYBYL-X
  HD/アプリケーション/SYBYL-X2.1.1/Utilities
  HD/opt/X11(XQuartz-2.7.5.dmgでインストールしたもの)
5)HD/tripos/AdminTools11.6/tables/license_file_location をコピーし、MacOSXのテキストエディットを用いて「1919@10.111.10.103」を書き入れ(コードはUTF8を使用)、license_file_locationのコピー.txtの名称で保存します。
6)license_file_locationのコピー.txtをtablesに移動し、名称をlicense_file_locationに変更します。
7)HD/アプリケーション/SYBYL-X2.1.1/SYBYL-Xを起動します。

C)SYBYL-Xの試験運用方法
Help→TriposBookshelfs→Contexts(マニュアル)→SYBYL Tutorials
基本機能はSYBYL Core Technologiesに列挙されています。

東京薬科大学TYCOONBOOK